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脊索瘤有常見發病部位，一般在脊柱上起源，多數情況下在脊柱兩端，即顱底和骶尾部發生率最高。脊索瘤CT表現為脊柱兩端中線部位存在骨質破壞、軟組織腫塊。在血管內注射對比劑，腫塊可有不均勻強化，可顯示其內有無壞死、有無囊變。 只要將病變部位、大小、破壞情況、血供情況、鄰近關系情況顯示清楚，臨床即可進行精準治療。而CT可將病灶范圍、血供情況、周圍破壞情況顯示清楚，故CT檢查為脊索瘤較好的檢查方法。