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強直性脊柱炎的診斷之一就是實驗室檢查，而實驗室檢查第一就是HLA-B27，HLA-B27只是基因類型，HLA-B27陽性的人群得強直性脊柱炎的幾率或者危險性高，比HLA-B27陰性的人得強直性脊柱炎的幾率要高，但并不是HLA-B27陽性就一定是強直性脊柱炎，而HLA-B27陰性就一定不是強直性脊柱炎。對于強直性脊柱炎的診斷不能單純依賴HLA-B27是否陽性，而是要看臨床表現、X光檢查、CT、核磁，對于骶髂關節、髖關節、脊柱關節的檢查，以及實驗室進行檢查血沉、C反應蛋白、類風濕因子等，要跟其它的疾病進行鑒別。 對于其它的腰椎間盤的病變以及腰椎病變以及骨性關節炎、骨質增病變進行鑒別，而不能單純依賴HLA-B27是否陽性對強直性脊柱炎作診出斷。所以當懷疑有強直性脊柱炎時可以查HLA-B27，但陰性不能完全地排除診斷，而陽性不能完全肯定診斷，而要根據臨床表現作出判斷。