藿香正氣液的功能主治為：解表化濕，理氣和中。用于外感風寒，內傷濕滯，夏傷暑濕，頭痛昏重，脘腹脹痛，嘔吐泄瀉，胃腸型感冒。

一、與功能相關的臨床研究

上海中醫藥大學附屬曙光醫院、上海醫科大學附屬華山醫院、上海第二醫科大學附屬瑞金醫院聯合進行臨床研究：用藿香正氣液治療胃腸型感冒、急性胃腸炎、慢性結腸炎、慢性胃炎、暑濕病共142例，結果總有效率92%，且療效優于正氣水，未見毒副反應。藿香正氣液的促胃腸動力作用，效果優于嗎丁啉。

為進一步驗證藿香正氣呢液療效和安全性，為中藥保護提供臨床驗證情況，重慶市中醫研究所附屬醫院、重慶市中西醫結合醫院、重慶第三人民醫院于2003年12月至2004年4月進行多中心、隨機、平行對照評價藿香正氣口服液治療外感風寒、內傷濕滯的有效性和安全性，共收集病例420例(其中治療組300例，對照組100例)，總有效率為87%，整個治療過程中未發生與藥物有關的不良反應。

二、擴展性臨床研究

手足口病。將156例手足口病患兒隨機分為治療組80例，對照組76例。兩組均用常規抗病毒治療，治療組加用藿香正氣口服液治療。結果：治療組手足口病患兒的痊愈率為72.5%，明顯優于對照組的48.7%(P<0.01)，無一例并發癥發生。

海洛因戒斷綜合征。排除驅體嚴重疾患，且符合阿片類藥物成癮診斷標準，尿嗎啡檢測陽性的海洛因依賴者143例，隨機分成3組。治療組A和治療組B均服用藿香正氣液，結果治療組各稽延性戒斷癥狀評分明顯低于對照組(P<0.01);治療組一年內復吸率明顯低于對照組。說明早期運用藿香正氣口服液緩解戒斷癥狀和稽延性戒斷癥狀療效更優。

研究發現，藿香正氣液可治療胃腸型感冒、陰暑、大棚綜合征、手足口病、小兒高熱、慢性淺表性胃炎、糖尿病性胃輕癱、老年性腹脹、嬰幼兒重癥肺炎胃腸衰竭、反流性食管炎、呃逆、代謝性酸中毒、化療后胃腸道毒副作用、急性酒精中毒、低鉀血癥、腸易激綜合征、潰瘍性結腸炎、腹瀉、急性胃腸炎、慢性肝炎、戒毒綜合征、抗生素致胃腸反應、小兒再發性腹痛、小兒流涎、濕阻等以嘔吐、腹瀉、腹脹為主要臨床表現的疾病等;藿香正氣液也用于治療各種過敏性疾病和感冒、支氣管哮喘等呼吸系統疾患;藿香正氣液還用于輔助治療冠心病、治療急性高山反應、眩暈、嗜睡、失眠、偏頭痛等疾病。藿香正氣液治療內科疾病中以消化系統癥狀為主要表現的疾病為主，并對呼吸系統、心血管系統、神經系統疾病或癥狀亦有療效。

三、預防應用

1、防治感冒：對暑濕感冒、胃腸感冒、風寒感冒效果良好。夏天常見的暑濕感冒、冬天常見的風寒感冒、春秋常見的“胃腸型感冒”，癥見頭痛昏重、胸膈痞悶不適，喝藿香正氣液均有良好的防治作用。入選中華醫學會兒科分會《小兒感冒中醫診療指南》，適用于小兒感冒等。

2、防暑解暑，防治空調綜合癥：防治高熱環境、中暑，密閉空間(如大棚、空調)引起的頭痛頭暈乏力等各種不適。是夏季高溫工作崗位勞動保護品，居家出行防治中暑、防治空調病、安全度夏必備。

3、防治各種胃腸癥狀：緩解麻辣、生冷、飲酒等引起的腸胃不適;防治因消化不良、胃炎、腸炎、食管炎、胃輕癱、藥物胃腸道副作用、化療、戒毒等各種原因導致的腹脹、腹痛、腹瀉、反胃、嘔吐、呃逆等。

4、防治哮喘、夏季皮炎、蕁麻疹、小兒痱子等過敏性疾病。可外用。

5、防治暈車暈船、水土不服。

四、疫情防治

1、入選2005衛生部發布的《人禽流感診療方案》推薦中藥名單;

2、入選人感染豬流感診療方案(2009版)》;

3、入選《傳染性非典型肺炎(SARS)診療方案》防治藥物。