理化實驗芥子含黑芥子甙，甙本身無刺激作用，但遇水后經芥子酶的作用生成揮發油。主要成分為異硫氰酸烯丙酯，有刺鼻辛辣味及刺激作用。應用于皮膚，有溫暖的感覺并使之發紅，甚至引起水泡、膿皰。通常將芥子粉除去脂肪油后做成芥子硬膏使用，用作抗刺激劑(刺激性藥物使用于皮膚局部，其作用不僅限于用藥部位，并牽涉到其他部位，產生治療作用時，稱為抗刺激作用)，治療神經痛、風濕痛、胸膜炎及扭傷等。使用前先用微溫的水濕潤，以加強芥子酶的作用(沸水則抑制芥子酶的作用)。應用時間不超過15-30分鐘，皮膚敏感者只能應用5-10分鐘。芥子粉用作調味劑，使唾液分泌及淀粉酶后性增加，使心臟體積和心率減少。小量可刺激胃粘膜增加胃液及胰液的分泌，有時可緩解頑固性呃逆。內服大量可迅速引起嘔吐，可用于麻醉性藥物中毒之治療。[2]

其他作用豚鼠飼以芥屬植物可使甲狀腺攝取的作用受抑制且血清中SCN-升高。但并未發現食物中SCN-的含量與攝取的抑制有何關系。也有報告給動物長期喂飼芥屬植物可使其甲狀腺腫大，此可能由于分泌了過多的促甲狀腺激素所致。家兔靜脈注射芥子生理鹽水浸出液，血壓先有輕度上升，后則下降，呼吸增快。內服可作刺激性祛痰藥，并治療腹痛，過量可致胃腸道炎癥。