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腸道菌群大概有10^13-10^14，超過人類細胞總和大約30倍，正常情況下，腸道菌群大致分為以下3類：1、生理性菌群：以專性厭氧菌為主的菌群，主要以雙歧桿菌、消化球菌等細菌為主，生理性菌群在腸道內，發揮了重要的生理性功能，幫助降解食物中的成分，調節腸道正常的生理狀態，維持腸黏膜屏障，參與腸黏膜免疫的調節，也參與全身的其它功能，比如可以影響大腦、臟器功能；2、兼性需氧菌：為條件致病菌，主要有腸桿菌、類桿菌，當腸道環境發生變化，比如使用抗菌素，使生理性菌群數量減少或免疫力發生變化后，可能會導致感染的發生，容易在重癥病人出現；3、致病菌：可以導致腸炎等疾病的細菌，為過路菌，不會在腸道內定殖，比如變形桿菌、芽孢梭狀桿菌。由于一些原因，比如食品被這些細菌污染，通過進食進入到腸道，造成腸道感染，比如細菌性痢疾、急性細菌性腸炎。