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腸道菌群的檢測主要是通過大便的化驗進行檢測，比較簡便，就是對腸道菌群進行染色，在顯微鏡下分析桿菌和球菌大致的量和比例，這是粗略的半定量的方法。也有一些比較先進進行菌群內比較復雜的檢測方法。主要是分子生物學的方法，同普通的大便化驗相比更精確，但是因為這種方法比較復雜、技術比較精密、費用比較昂貴，臨床意義目前不是特別的肯定，所以在臨床上使用的并不太多。檢測方法同樣是通過大便進行化驗，或者在腸鏡下取一些黏膜進行分子生物學的檢測，可以更精確的檢測出特殊細菌種類的含量，比如雙歧桿菌的含量、乳酸桿菌的含量。