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現(xiàn)在腸道菌群主要通過(guò)大便進(jìn)行化驗(yàn)，臨床上用的比較多的主要是大便的菌群分析辦法。在醫(yī)院里，如果檢驗(yàn)?zāi)c道菌群，主要收集2個(gè)小時(shí)內(nèi)新鮮的大便樣本，送到化驗(yàn)室化驗(yàn)，然后通過(guò)染色后在顯微鏡下判斷菌群，即桿菌/球菌的比例，還有細(xì)菌的數(shù)量，是比較粗略的定量辦法。如果比較精確的定量辦法，像PCR類的分子生物學(xué)的辦法，但目前因?yàn)槌杀颈容^高，準(zhǔn)確性也受到一定的制約，還沒(méi)有在臨床上大規(guī)模地運(yùn)用。包括除了檢測(cè)大便以外，有時(shí)候可以檢查腸道黏膜的活檢樣本，在腸黏膜活檢樣本中可以通過(guò)PCR、分子生物學(xué)的辦法，檢測(cè)腸道菌群的含量。所以檢測(cè)腸道菌群可以通過(guò)PCR、顯微鏡下的染色的很多種方法進(jìn)行檢測(cè)，但是目前在臨床上使用的最多的是顯微鏡下染色的辦法，能夠粗略的判斷菌群的含量、球菌/桿菌的比例，這對(duì)臨床工作有一定的指導(dǎo)意義。