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甲基丙二酸血癥患者能活多久，取決于甲基丙二酸血癥的嚴重程度及基因突變的類型，不同疾病類型壽命可能不一樣。此遺傳代謝病的基因突變類型以及疾病突變類型，決定疾病嚴重程度。比如發病是比較早的嬰兒型疾病，由mut0突變引起，癥狀比較嚴重，發病比較早，對維生素B12治療沒有反應，此類孩子可能會影響壽命。但是對于大多數的甲基丙二酸血癥患者，對藥物治療尤其是對于維生素B12治療有反應，使癥狀都能夠緩解，通過飲食控制加上輔助治療手段，比如肉堿的服用、甜菜堿的應用、維生素B12的應用等，可以幾乎與正常人一樣。很多甲基丙二酸血癥的孩子，從外觀上分辨不出來與正常孩子唯一的區別，就是終身要用藥物維持正常的甲基丙二酸水平，防止出現酸中毒等嚴重并發癥。