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頭部CT和核磁共振檢查各有優缺點。CT檢查主要優點體現在對于腦出血的診斷，急性腦出血患者CT檢查可以快速、敏感診斷，CT診斷價值高于核磁共振。因為CT檢查速度快，核磁共振檢查速度慢，此時對于急性腦出血患者的搶救較為重要。CT對鈣化顯示較為敏感，部分疾病，例如腫瘤容易合并鈣化、寄生蟲鈣化等，CT顯示價值高于核磁共振。 其它疾病核磁共振診斷價值高于CT，例如腦梗死，特別是急性期腦梗死、腦炎、脫髓鞘疾病、腦部腫瘤、軟組織病變。因為核磁共振軟組織分辨力較強，可以多參數、多方位成像，對于較小腫瘤能夠清晰顯示，腫瘤定性和鑒別診斷方面核磁共振顯示明顯效果高于CT。