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患者檢查腦垂體病變時，通常首選核磁共振檢查。因為腦垂體的結構較為復雜，而且位置較小，核磁共振有專門針對腦垂體的序列進行檢查，因此核磁共振檢查對腦垂體的大小、質地、密度是否均勻，以及腦垂體與周邊的關系如何，另外腦垂體對周邊的蝶鞍和其他軟組織血管是否出現破壞，相對觀察得較為清楚。因此懷疑患者出現垂體病變時，應該首選腦核磁檢查，而且要首選腦核磁中的腦垂體系列檢查。由于CT檢查沒有單獨的垂體序列程序，因此只能觀察到垂體的大概情況，但是如果垂體和周圍出現出血，CT檢查較腦核磁更為清晰，而且CT檢查能夠觀察到蝶鞍和附近的骨頭發生的變化，如斜坡骨折、蝶鞍斷裂、骨折、蝶骨骨折等。因此建議患者必要兩者都需要進行檢查，但是檢查的最終結果以核磁作為診斷依據。