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矮小癥需要住院檢查主要是因為其常見于內分泌代謝性疾病、遺傳性疾病、長期的全身慢性疾病以及長期用藥等情況，需要進行特殊檢查來鑒別上述引起的病因，但上述檢查在門診不能很好的完成，尤其是內分泌激素，經常需要根據人體內分泌激素的分泌節律進行測定。內分泌常見的矮小癥、垂體生長激素分泌減少或者缺乏，以及下丘腦-垂體胰島素樣生長因子等生長軸功能異常，這些情況都需要測定相關激素。生長激素需要測定站位、臥位以及睡眠狀態、清醒狀態時分泌的水平，胰島素樣生長因子以及皮質醇激素水平，也要測定上午8點、下午4點、午夜12點的皮質醇水平變化，因此這些內分泌激素需要依靠人體的分泌生長節律進行測定，在門診不能完成。矮小癥需要鑒別明確，尤其需要測定準確的內分泌激素，與生長發育、矮小癥有密切關系的生長激素、糖皮質激素等，必須住院才能準確完成。另外，某些遺傳因素造成的矮小癥需要進行基因相關檢查，甚至其父親、母親都需要進行家族系統的基因檢查，而部分長期的慢性病(如克羅恩氏腸道疾病)等，也需要做相關的鑒別檢查。