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亞急性感染性心內膜炎最常見的致病菌是草綠色鏈球菌，還有一些革蘭氏陰性桿菌、腸球菌和立克次氏體，也可以導致心內膜炎的出現。其與亞急性感染性心內膜炎，是感染性心內膜炎中的一種，這種疾病主要出現在結構性心臟病的患者中。這些結構性心臟病，主要包括室間隔缺損、動脈導管未閉、原有的瓣膜病。瓣膜病可能是多種原因引起，其中以風濕熱引起的比較多見。部分患者也可以沒有一些結構性心肌病，比如扁桃體感染、呼吸道感染、牙周炎，也可以通過血流，將這些細菌帶到心臟中。細菌寄存在心內膜表面并生長，造成局部感染，從而導致亞急性心內膜炎，亞急性心內膜炎的發病速度、嚴重程度比急性心內膜炎偏輕。