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感染性心內膜炎的預后與所感染的細菌毒力強弱，與患者總體健康狀況、相關的瓣膜結構，還有患者感染期是否發生充血性心力衰竭等因素都相關，具體分析如下： 1、金黃色葡萄球菌感染所導致的感染性心內膜炎，此類患者死亡率高達20%-40%； 2、鏈球菌感染所導致的感染性心內膜炎，患者預后相對比較好； 3、對于90%-95%的草綠色鏈球菌感染所導致的感染性心內膜炎患者，可以通過內科或外科治療得到痊愈，其它種類的鏈球菌感染的感染性心內膜炎患者預后也比較好； 4、真菌導致的感染性心內膜炎患者預后相對較差，事實上可能沒有真菌引起的感染性心內膜炎患者能單純通過藥物治療得到治愈，少數患者通過抗感染治療結合外科的方式可以得到治愈，但即便感染灶得到徹底清除，此類患者建議長期進行抗真菌治療。