1.外感傷食

《本草備要》曰：“辛散氣，甘調中，溫開胃，化水谷，消積滯”。外感風寒，內傷飲食，惡寒發熱，頭痛無汗，鼻塞聲重，時流清涕，喉癢咳嗽，肢節酸疼，腹部脹滿，惡嘔不食，或兼泄瀉，舌苔薄白，脈象浮緊。治當外散風寒，內消食傷，神曲辛溫以發汗解表，甘溫以調中消食，內外兼治表里雙解。

2.傷食吐瀉

《本草蒙筌》曰：“下氣調中，止瀉開胃，化水谷，消宿食?！憋嬍巢还潱╋嫳┦常⑽甘軅?，胃不受盛，脾不轉輸，胃氣上逆則吐，脾氣不升則瀉。癥見：脘腹痞悶，暖氣厭食，嘔吐酸腐，泄下糞便，臭如敗卵，腹疼拒按，得食尤甚，嘔吐略舒，舌苔厚膩，脈象滑數。神曲，既可健脾和胃，又能消食化滯，故當首選。

3.消積止痢

《珍珠囊》曰：“養胃氣，治赤白痢”。飲食過度，恣食甘肥，停滯于胃，積壅不化，復感濕熱，濕熱食積，交阻于腸，傷及血絡，化腐成膿，赤白混雜，兼雜而下，瀉下不爽，里急后重，腹疼拒按，苔膩脈滑。神曲健脾，消食化積，與清利濕熱之品相伍，共治痢疾。

4.脾虛脹滿

《素問·陰陽應象大論》曰：“濕氣在上則生腠脹”。脾胃虛弱，中陽失運，清陽不升，濁陰不降，日久成積。則見納呆食少，脘腹脹滿，飯后加重，大便溏薄，舌淡苔膩，脈弱無力。治當健脾消積。神曲甘溫，健脾和胃，消積導滯。配合補脾之品，健運中焦，消補并行，脹滿可除。

5.下氣消痰

《本草備要》曰：“治痰逆”?！捌樯抵矗螢橘A痰之器”，脾胃虛弱，中陽不運，則生水濕，聚而為痰。癥見：咳嗽咯痰，量多清稀，舌淡苔膩，脈象濡滑。神曲可健脾消食，使中陽健運，痰濕不生，且有下氣消痰之功，故治咳喘，痰涎壅盛。

6.產后回乳

產后勿須哺乳者，用神曲可回乳斷奶。

7.助化礦石類藥

神曲能助礦石類藥運化吸收，故多用以糊丸，以助其發揮藥效。