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感染性心內膜炎，最重要的診斷方法是心臟的超聲心動圖檢查。做心臟的超聲心動圖檢查，能夠發現心內膜，特別是心臟瓣膜上有沒有贅生物，能發現曾經裝的起搏器導線，有沒有贅生物。因此，超聲心動圖是感染性內膜炎非常重要的診斷方法。另外還要結合病人的癥狀、體征，還要反復做血培養，同時做兩次上臂抽血，做血培養，包括細菌培養，細菌包括需氧菌和厭氧菌培養。必要的時候還要做霉菌等培養。結合患者的癥狀、體征，還有臨床疾病的特點，包括細菌的特點，還有發燒的熱型，還有超聲心動圖的特征，最后來做出感染性心內膜炎的診斷。