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兒童腦干膠質瘤是兒童神經系統腫瘤中非常罕見的一種疾病，發病率較低，病因較為復雜，學術界仍然沒有公開定論。很多學者認為兒童腦干膠質瘤是由于復雜基因突變所導致，現在醫學界進行了大量研究工作，發現與致病相關的重要基因，但具體何種基因現在仍然是未解之謎，突變的主要原因也仍然是值得探索的醫學課題。 部分患者認為本病與飲食、環境污染或輻射有一定相關性，這一猜測仍然沒有得到證實，需要廣大醫務工作者進一步探索。