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兒童腦干膠質瘤沒有明確的病因，腫瘤的性質幾乎皆為膠質瘤，以星形細胞瘤和多形膠質母細胞瘤最為多見，部分可為神經節膠質瘤和室管膜瘤，位于腦干上段，主要是低度、惡性星形細胞瘤，而腦干下段則以膠質母細胞瘤居多。腦干膠質瘤大多位于中腦和延髓，邊界清楚，沒有局部侵襲或者水腫，病理上這些腫瘤通常為毛細胞性或纖維性星形細胞瘤，或者罕見為神經節膠質瘤，它們都被稱之為低度惡性腫瘤。局灶性腦干膠質瘤多發生于患者的橋腦部位，并且借助MRI神經導航以及神經電生理監測為患者進行顯微手術，有助于降低患者的神經功能缺失程度，具有良好的應用價值。