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腦干膠質瘤是所有中樞系統膠質瘤中最難治療的腫瘤。由于腦干功能十分重要，所以當出現腦干膠質瘤時，首先需要判斷對于腫瘤能否進行手術治療，手術治療對于膠質瘤仍然是最為有效的治療方法。對于外生性、局灶性、存在手術條件的腦干膠質瘤，通過手術將腫瘤大部分、絕大部分甚至全部切除，可以延長患者生存時間。 但是部分腦干膠質瘤不適合進行手術治療，比如腦干彌散性膠質瘤，手術意義僅限于取活檢，可以用于明確腦干膠質瘤的診斷，再輔助其它治療。 而腦干膠質瘤的患者無論能否進行手術，都需要進行輔助治療。輔助治療主要包括放射治療、化學治療、電場治療、靶向治療以及免疫治療等。臨床上目前常用的方法主要是放療和化療。