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蛋白質通過口腔攝入到胃，首先由胃內的胃蛋白酶進行初步消化，然后從胃排入小腸。小腸里有胰腺分泌的蛋白酶，因此蛋白質在小腸里經過蛋白酶的充分消化，這種大的、復雜的分子結構逐漸降解為短肽類以及氨基酸這種小分子物質，才能被小腸黏膜細胞吸收。吸收后，人體的各種細胞、臟器，通過能量代謝的途徑，利用蛋白質所產生的一些能量，同時合成人體相關的蛋白質成分，如肌肉、酶類等。這就是大致的蛋白質消化、吸收的過程。消化和吸收同時進行，為了理解方便，醫生通常會將兩者分開解釋，實際上消化和吸收一直是同時進行，這個中間的過程非常復雜，有非常多精密的調節機制，這是人體與生俱來的，是人類進化逐漸形成的功能。