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格列衛即伊馬替尼，是大部分胃腸道間質瘤患者治療的首選藥物，但并不是所有患者都能夠從伊馬替尼治療當中獲益。治療開始之前，要進行病理活檢明確基因的分型，根據基因的分型來確定伊馬替尼的治療劑量。對于難以R0切除的或不可完整切除，需要聯合臟器切除的手術風險比較大的患者，可以考慮手術前接受伊馬替尼的治療，通過服用伊馬替尼可以使腫瘤縮小，達到手術的要求，然后再進行手術。對于PDGFRα外顯子18號D842V突變的患者，不推薦接受伊馬替尼的治療，伊馬替尼對這部分患者的客觀緩解率基本上是0%，中位的無進展生存期是3個月，中位的總生存期是12個月。野生型的胃腸道間質瘤對伊馬替尼的反應率也非常低，與突變型間質瘤相比，效果明顯較差。SDH缺陷型胃腸道間質瘤，以及KRAS、BRAF突變、NF-1基因突變的間質瘤，伊馬替尼也無法從中獲益。