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治療軍團菌，目前首選喹諾酮類的藥物，一般可以選擇左氧氟沙星、莫西沙星，此類藥物對于軍團菌目前有較高的敏感性，出現耐藥的非常少。另外也可以選擇大環內酯類藥物，其中首選阿奇霉素，阿奇霉素對于軍團菌的作用強于其他大環內酯類的藥物，比如比克拉霉素要強，所以一般選擇阿奇霉素。但由于阿奇霉素近些年應用的幾率比較多，所以阿奇霉素出現一定程度的耐藥，對于軍團菌的作用，目前似乎沒有喹諾酮類的藥物作用強，而且耐藥的幾率相對比喹諾酮類高。所以對于軍團菌的治療，目前一般首選喹諾酮類藥物，但也可以選擇阿奇霉素。尤其對于兒童，不能夠應用喹諾酮類的藥物，可以選擇阿奇霉素。另外也可以選擇四環素類的藥物，可以應用米諾環素、多西環素，四環素類的藥物對于軍團菌也有比較強的敏感性。但兒童一般也不選擇四環素類藥物，因為可以引起四環素牙，但短期應用一般還不至于引起四環素牙的副作用。