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頭部磁共振需要的時間比CT長，具體時間與進行的序列數有關。如果患者僅是檢查頭顱平掃，檢查腦部有無結構性改變，只進行T1項、T2項或壓水序列、TWI項，大概需要5-6分鐘。如果檢查的序列比較多，如檢查MRA，即血管成像檢查，部分患者還需進行頸椎掃描，如果患者顱內有病灶，需要打造影劑觀察增強掃描，時間會明顯延長，可能持續10-20分鐘。患者檢查的部位越多，需要的時間也會越久，例如檢查頸椎，需要采取不同方法進行檢查，以及胸腹部的部位越多，時間也會越長，最長可能達到30分鐘。患者進行長時間的頭部磁共振檢查，或多或少會出現不舒服的感覺，尤其是幽閉恐懼癥的患者，因此通常需要與患者溝通，讓患者評估檢查時間是否可以耐受，如果幽閉恐懼癥患者檢查時感覺煩躁、難受、恐懼、害怕，此時需要盡量避免檢查時間過長。