黃芩的副作用主要體現有苦寒傷胃，脾胃虛寒者不宜使用。黃芩可用于上呼吸道感染、腸道感染、肝膽系統感染。具瀉實火、除濕熱、止血、安胎的功效。另外，黃芩有較廣的抗菌活性，對皮膚真菌亦有一定程度的抑制作用。

臨床應用本品,黃芩粗制劑口服、黃芩甙或黃芩注射給藥,除個別病人有胃部不適和腹瀉外,余無明顯不良反應.黃芩銀花注射液眼內注射,局部有脹痛感,可加適量普魯卡因緩解之.

黃芩的不良反應機制

黃芩中含有多種黃酮類成分及黃芩苷等。其有明顯的利尿作用，能引起血壓下降，其毒性很低，一般劑量不會有明顯的不良反應。

黃芩的不良反應

口服制劑無明顯不良反應，對于個別病人可出現胃部不適、腹瀉等，過敏體質者可出現大水皰樣藥疹。黃芩注射類制劑大劑量應用時，可出現低熱、肌肉酸痛、白細胞下降等。

黃芩不良反應的治療與解救

口服后的不良反應可自行消失。出現藥疹或低熱、肌肉酸痛，可對癥治療。

黃芩的使用禁忌

清熱多用生黃芩,安胎多用炒制品;清上焦熱可用酒黃芩;止血則多用黃芩炭.本品苦寒傷中,故脾胃虛寒、少食、便溏者忌用。

“脾肺虛熱者忌之.凡中寒作泄,中寒腹痛,肝腎虛而少腹痛,血虛腹痛,脾虛泄瀉,腎虛溏瀉,脾虛水腫,血枯經閉,氣虛小水不利,肺受寒邪咳喘及血虛胎不安,陰虛淋露,法并禁用.”(《本草經疏》)。