同時，還要看到工作的差距和存在的問題。由于中國人多地少的特殊國情和所處的歷史發展階段，現在食品安全的形勢依然復雜嚴峻，食品安全工作與人民群眾的期盼仍然有很大的差距。比如農藥獸藥殘留超標的風險，環境污染造成食品中重金屬超標的風險，糧食收購儲存運輸中霉菌污染的風險，還有非法添加非食用物質，食品添加劑的超范圍、超限量使用的風險。另外，制假、摻假、售假違法案件仍然時有發生。

在監管工作中，食藥監局在食品安全的標準、監管、處罰、問責等方面也有很多差距，基層監管力量薄弱，專業技術人員缺乏，有些設施設備落后。這些都與監管工作的需要不適應。存在的差距就是食藥監局努力的方向，食品安全沒有“零風險”，但是對食品安全的違法犯罪必須“零容忍”。