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甲胎蛋白和癌胚抗原是兩種不同的腫瘤標志物，兩者的區別主要是臨床上的意義不一樣。1、甲胎蛋白：是一種胚胎類抗原，通常發生在原發性肝癌和生殖系統來源的惡性腫瘤病人，比如原發性肝癌的病人，甲胎蛋白的指標可明顯增高，達到或者超過500ng/ml。所以，對于有慢性肝炎病史的病人，如果出現甲胎蛋白明顯增高，就要進行肝臟的增強CT或者增強的核磁共振檢查，觀察肝臟內的病變情況，如果發現可疑的病變，而不能臨床診斷肝癌，還應該做病理學檢查來明確診斷。甲胎蛋白的增高也不一定都是發生癌癥，部分良性肝臟疾病，甲胎蛋白也可以增高，要注意鑒別；2、癌胚抗原：也屬于胚胎類抗原，是非特異性腫瘤標志物，在多種惡性腫瘤，比如肺腺癌、乳腺癌、胃癌、腸癌、胰腺癌中，可以出現明顯增高。除了這些惡性腫瘤之外，部分乳腺的良性疾病、肝臟的良性疾病等，都可以出現癌胚抗原增高的情況。