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甲胎蛋白和癌胚抗原的區別表現在以下幾個方面：1、輔助診斷不同：雖然甲胎蛋白和癌胚抗原都是血液中可以檢測到的腫瘤標志物，但是甲胎蛋白臨床上主要用于原發性肝癌的輔助診斷，而癌胚抗原可以用于胃癌、肺癌、乳腺癌、胰腺癌等多種癌癥的臨床輔助診斷；2、正常值范圍不同：甲胎蛋白和癌胚抗原的正常值范圍也存在差異，甲胎蛋白的正常值是<25μg/L，癌胚抗原的正常值是<5μg/L；3、確診癌癥不同：臨床上甲胎蛋白的數值達到一定程度，可以臨床診斷原發性肝癌，但是癌胚抗原無論升高到何種程度，一般也不能用于臨床確診癌癥疾病；4、病因不同：甲胎蛋白升高還可能見于活動性肝炎，或者是胚胎型腫瘤的患者。而癌胚抗原指標升高，可以見于長期吸煙人群、妊娠早期女性，或者炎性病變。