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耐藥性肺結核的傳染性與患者的痰菌量密切相關，痰菌量越大，耐藥性肺結核的傳染性越強。痰菌陰轉指連續間隔30天以上，2次痰培養的檢測結果均提示結核分枝桿菌呈陰性，痰菌是否轉陰為判斷治療效果與傳染性的可靠指標。 通常耐多藥肺結核患者規律地服用抗結核藥物治療2-3個月后，其痰菌量會明顯下降，而耐多藥肺結核患者要達到細菌學檢查陰轉，一般至少需治療6個月以上。前6個月的治療為耐多藥肺結核的強化期治療，如果于第6個月末，患者的痰菌檢測結果仍未轉陰，則需將強化期延長至8個月再行判斷。