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支鏈氨基酸在治療肝性腦病方面，可以糾正支鏈氨基酸與芳香族氨基酸的平衡。因為患有肝性腦病后，支鏈氨基酸與芳香族氨基酸的比例會降低。此時通過使用支鏈氨基酸，能夠增強肝臟對蛋白質的耐受，從而改善肝性腦病的情況。肝性腦病在發生的過程，假說之一就是支鏈氨基酸的平衡被打破。而在肝臟當中，支鏈氨基酸與芳香族的氨基酸的比例是3-3.5:1。由于肝臟疾病，使肝臟對胰島素的滅活能力下降，導致肌肉中大量的支鏈氨基酸被代謝，兩種氨基酸的比例平衡被打破，肝臟對蛋白質的耐受能力降低。因此肝性腦病的治療中，在使用其他的治療方法效果較差的情況下，就會考慮使用支鏈氨基酸進行治療。