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非典型性肺炎有別于典型性肺炎，也就是常見的肺炎而命名。非典型性肺炎常見的病原體包括支原體、衣原體、軍團菌、立克次體等與常見病原體不同的病原體，導致肺部炎癥的表現有別于常見肺炎表現，所以起名為非典型性肺炎。部分群眾常將非典型性肺炎與2003年的SARS非典相混淆，SARS非典稱為急性嚴重性呼吸窘迫綜合征，經過研究確定病原體傳染性冠狀病毒引起，與非典型肺炎不同，不要相混淆。非典型性肺炎發病原因主要是自身免疫功能下降、外來因素干擾感染相關的病原體，發生非典型性的肺炎。