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肺結核可以通過痰涂片、培養鑒定。現在CT、功能磁共振、X光，也具有診斷價值。 現在還有分子生物學可以判斷細菌到底是結核還是非結核分枝桿菌，還是其它細菌，從分子水平進行鑒定。 許多基層醫院僅能做抗酸染色，抗酸染色是陽性，多數情況下就是結核桿菌，但是抗酸染色陽性，也可能是非結核分枝桿菌，也可是麻風分枝桿菌、諾卡放線菌、枯草桿菌、軍團菌。 所以抗酸染色陽性只是初步診斷，要確診是否是結核，還要進一步做更多的實驗室診斷。也可以在有經驗的臨床醫生結合胸片、發燒、咳嗽、盜汗、消瘦做初步診斷。