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治療大腸桿菌的特效藥是抗生素，常用藥為喹諾酮類抗生素，如利復星也稱為左氧氟沙星，可以口服也可以靜脈給藥，要根據感染嚴重程度、病情危險程度來進行選擇用藥。大腸桿菌是腸道里常見的致病菌，正常情況下人體可能會有少量的大腸桿菌存在，因為自來水的品質評估也會有大腸桿菌而不是為零。如果水源被大腸桿菌污染導致大腸桿菌超標，進食大腸桿菌超標的水后可能會引起急性胃腸炎感染大腸桿菌。大腸桿菌感染主要癥狀為惡心、嘔吐、腹瀉、腹痛，大便呈水樣、黃色稀水樣，通常不會伴有黏液膿血，通常為便前腹痛，排便后腹痛會緩解。如果是小兒和體弱的老人感染，反復的嘔吐和腹瀉可能會并發電解質紊亂，甚至誘發身體產生其它疾病，像循環血量不夠導致腦梗、心梗等情況，所以需要積極治療，可以應用抗生素。如果是成年人或體質較壯的人可能會自行愈合，也可以服用抗生素或者黃連素等中藥來進行治療。