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如果想要了解胃腸道間質瘤高危險度患者的治療方法，應先明確高危險度的定義。以下6種情況都屬于胃腸道間質瘤高危險度：1、腫瘤破裂；2、腫瘤>10cm；3、腫瘤的核分裂象>10；4、腫瘤>5cm，同時核分裂象>5；5、原發灶不在胃部，但大小在5-10cm；6、原發灶不在胃部，大小在2-5cm，但是核分裂象>5。胃腸道間質瘤高危險度的患者通常腫瘤較大，位置比較復雜或臨近組織結構侵犯比較多，建議進行傳統開腹手術，直接手術切除困難的胃腸道間質瘤。可以在術前給予6-12月的伊馬替尼來縮小腫瘤，再通過腫瘤縮小的情況評估是否可以進行手術。對于部分保留器官和功能的手術，也可以在術前考慮新輔助治療。盡管接受了根治性的手術，但是很多高危的患者術后仍然會復發，術后輔助治療可以降低復發風險，改善患者的預后。通常需要3年TKI的輔助治療，甚至可以延長到5年，不可切除轉移性或復發的胃腸道間質瘤，應選擇靶向藥物進行根治性治療。