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幽門螺桿菌在臨床上有很多檢查方法，大多數是全或無的概念，比如臨床上最常用的呼氣試驗，包括碳13、碳14呼氣試驗。碳13呼吸試驗的正常值是0-3.9dpm，如果在0-3.9dpm則判斷是陰性，不存在幽門螺桿菌感染。如果超過3.9dpm，則要考慮存在幽門螺桿菌感染，為陽性，可以查大便幽門螺桿菌抗原。如果提示陰性，則沒有幽門螺桿菌感染，如果為陽性則考慮存在幽門螺桿菌感染。無創檢查方法還包括抽血，多數情況下反映的是既往感染狀態。幽門螺桿菌抗體還可以進一步做分型檢測，包括幽門螺桿菌CagA、VacA，以及尿素酶A、尿素酶B的分析。如果CagA或者VacA陽性，幽門螺桿菌感染考慮為高致病率。如果是單純尿素酶A或者尿素酶B陽性，可能致病率相對要弱，可以做胃鏡時取一塊胃黏膜組織，用快速尿素酶的方法，可以當場判斷有無幽門螺桿菌感染。如果指示劑變成紫色，則判斷是陽性，會在胃鏡報告描述進行快速尿素酶檢測，提示存在幽門螺桿菌感染。如果快速尿素酶檢測是陰性，胃鏡報告上也會出現表面快速尿素酶檢測的幽門螺桿菌陰性，還會有進一步的病理檢查，組織在病理科可以通過染色或免疫組化的方法再進一步判斷，病理報告上會出現幽門螺桿菌Hp是陽性的情況。