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幽門螺桿菌分為有創性檢查和無創性檢查。有創性檢查屬于侵入性檢查，通過胃鏡檢查，取胃黏膜組織進行檢測，比如快速尿素酶試驗，胃黏膜直接涂片染色鏡檢，胃黏膜組織切片染色鏡檢、細菌培養、基因芯片方法檢測。無創性檢測屬于非侵入性檢測，不用做胃鏡，比如碳13或碳14尿素呼氣試驗、糞便幽門螺桿菌抗原檢測、血清幽門螺桿菌抗體檢測。其中，血清抗體檢測反映的是一段時間內的幽門螺桿菌感染情況，幽門螺桿菌根除后，血清抗體可以維持數月到數年，因此不能用于治療幽門螺桿菌之后的復查。目前大多數醫院開展的檢測項目是碳13或碳14尿素呼氣試驗，這種檢測方法準確性高，易于操作，可以反映全胃幽門螺桿菌感染狀況，敏感性和特異性高，而且還不需要做胃鏡檢查。