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幽門螺桿菌通常在規范治療后1個月復查，即前一次確定陽性，規范開藥進行治療，從停止服用抗生素開始1個月后，進行復查，這是它的診療規范，在第5版的幽門螺桿菌診治指南里有明確介紹。前幾版的指南也是停藥1個月后復查，但是在停藥期間，不能隨便吃奧美拉唑之類的抑制胃酸藥物，也不能濫用抗生素，否則可影響結果。復查的時候，若依舊呈陽性，應于3-6個月后再次復查，根據復查結果，決定是否啟動第2次治療。第2次治療時，與第1次治療的抗生素不重復，有條件的可做藥敏試驗，即在胃鏡下夾取1小塊標本進行細菌培養和藥敏實驗，能更加精準地選擇藥物，提高療效。若第一次根除治療后根除完畢，再次復查則沒有特別的要求，可出現癥狀或家人有感染，導致感染風險時，再酌情復查。