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強直性脊柱炎的病因到目前為止還不十分清楚，但是很多研究發現強直性脊柱炎是一種自身免疫性疾病，和感冒等外來感染有很多不同。強直性脊柱炎在一定遺傳基因的背景基礎上得病，和強直性脊柱炎發病的相關基因很多，最重要的HLA-B27基因，所以懷疑強直性脊柱炎建議做基因檢測，這是強直性脊柱炎患病的易感基因。 除此以外，導致強直性脊柱炎的誘發因素還包括吸煙、污染、病毒感染等因素，和強直性脊柱炎的發病相關。在誘因的作用基礎上，當B27等基因陽性時，導致自身免疫系統發生紊亂，最終出現附著點，即肌肉、肌腱等附著在骨頭的地方發炎，導致強直性脊柱炎的發生。