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院內感染常見的致病菌包括細菌、病毒以及真菌等。細菌感染是院內感染中較為常見的致病菌，包括大腸桿菌、沙門菌、綠膿桿菌、鮑曼不動桿菌以及肺炎克雷伯菌等。導致院內感染的常見病毒包括肝炎病毒、呼吸道合胞病毒、腸道病毒、輪狀病毒以及諾如病毒等。真菌感染中常見致病菌為毛霉菌、念珠菌、曲霉菌等，其中以念珠菌的真菌感染較為常見。院內感染指患者在住院期間發生的感染，住院前已經處于潛伏期但在住院后發病的感染則不屬于院內感染。對于院內感染的細菌或病毒，治療較為困難，并且細菌經常存在耐藥性，所以需進行細菌的培養加藥敏試驗，根據藥敏的結果選擇敏感的抗生素進行治療，從而取得較好的效果。