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院內感染常見的致病菌，具體有以下幾種：1、革蘭氏陽性菌：比較常見的是耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，即MRSA。MRSA可以引起全身多個部位感染、院內獲得性肺炎，也可以引起血流感染，以及腹腔感染等。其他比較常見的有表皮葡萄球菌，一般常見于各種導管的插入，比如深靜脈內置導管或者引流管，如導尿管。由于導管的插入破壞皮膚黏膜屏障，表皮葡萄球菌則容易感染。另外，球菌中屎腸球菌和糞腸球菌在院內感染中也可以見到，可以引起泌尿系、腹腔感染等，也可以引起腦膜炎；2、革蘭氏陰性菌：院內感染常見大腸桿菌、肺炎克雷白桿菌、陰溝腸桿菌、變形桿菌、摩根菌屬等，這些細菌可以引起全身各個部位感染，也可以引起血流感染。另外，對于產生超廣譜β-內酰胺酶的ESBLs陰性桿菌，比如大腸桿菌、肺炎克雷伯桿菌，以及陰溝腸桿菌，也是院內感染的致病菌；3、非發酵菌：比如銅綠假單胞菌、鮑曼不動桿菌、嗜麥芽窄食單胞菌、產堿桿菌等，也可以引起院內感染，而且常見于多重耐藥菌的感染，常發生于重癥ICU以及血液科的病房等。另外，目前對于耐碳青霉烯類的CRE，即耐碳青霉烯的一些腸桿菌，比如肺炎克雷伯桿菌，在院內感染中現在發生的幾率也越來越高。