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結核屬于一種常見疾病，自然腸結核發病率多見。而對于一些腸道潰瘍患者，也需要考慮克羅恩病診斷。克羅恩病和腸結核鑒別較為困難，因為兩種疾病臨床表現，結腸鏡下所見和活檢一般無特征性區別。腸結核干酪性壞死性肉芽腫是特異性病理診斷，但是這種病理診斷在活檢中檢出率較低，因此，在活檢未見干酪性壞死性肉芽腫情況下，鑒別診斷應該對臨床表現，結腸鏡下所見和活檢結果進行綜合分析。傾向于克羅恩病的診斷例如肛周病變、肛瘺，肛周膿腫并發瘺管、腹腔膿腫，反復出現口腔潰瘍、皮膚結節性紅斑，結腸鏡下可見典型縱行潰瘍，典型卵石樣外觀，病變累及≥4個腸段，病變累及直腸肛管。 傾向于腸結核診斷的例如伴活動性肺結核、PPD強陽性，結腸鏡下見典型環形潰瘍，回盲瓣口固定開放，活檢見肉芽腫分散在黏膜固有層且數目眾多，直徑大，特別融合抗酸染色陽性。可以借助其它輔助檢查，例如活檢組織結核分枝桿菌DNA檢測陽性，有助于腸結核診斷，T-SPOT陰性有助于排除腸結核。CT檢查見腹腔腫大淋巴結壞死有助于腸結核診斷。鑒別確實仍然困難，可以給予診斷性抗結核治療，治療一般2-4周內癥狀明顯改善，并于2-3月后結腸鏡復查，發現病變痊愈或明顯好轉，支持腸結核診斷，可以繼續完成正規抗結核治療。