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做胃鏡能查出幽門螺桿菌，就是做胃鏡時可以取活檢，通過組織學的檢測，或者加免疫組化的染色，然后看是否有幽門螺桿菌的存在。過去還有快速尿素酶試驗，取一塊組織出來，放到試劑里也可以檢測。現在很多地方在做胃鏡時，不查也能完全確認，因為現在碳13吹氣的方法查幽門螺桿菌更為準確，而且沒有創傷，是較準確、有效、快速的一個辦法，所以現在大部分用這個方法來替代查幽門螺桿菌。還有一種就是在胃鏡下，可以看到胃黏膜的表現，現在很多科學家總結出來有特征性的表現，比如胃黏膜明顯的發紅、腫脹、糜爛，還有特殊的增生性息肉，能提示胃黏膜有幽門螺桿菌感染。當然這些只是提示作用，不能作為直接確診的依據。要直接確診幽門螺桿菌感染，目前最為推薦的還是呼氣試驗，即碳13呼氣試驗的辦法，這種方法目前是診斷幽門螺桿菌感染最準確、最直接的一種方法，比較推薦。而在胃鏡下取得活檢，活檢以后在病理科，有時也會根據看到的征象去推斷是否有幽門螺桿菌感染。