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新生兒化膿性腦膜炎常見病原菌有大腸桿菌、葡萄球菌、鏈球菌。 大腸桿菌多源于母親產道或嬰兒腸道，葡萄球菌多見于新生兒皮膚感染或臍帶感染。還有一種無乳鏈球菌，可以源于產道、皮膚、消化道等。此類細菌致病能力強，引起炎癥反應較重，是成人常見定植菌，致病力較弱，可以與成年人共生，對抵抗力正常的成年人幾近無害。同時因為是常見定植菌，對抗生素耐藥多，當新生兒感染細菌發病時治療難度較大。