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核酸檢測可以通過檢測呼吸道分泌物，也可以通過糞便檢測，根據具體是和何系統發生的感染來決定，具體如下：1、上呼吸道感染：發生呼吸道感染，比如流感、新型冠狀病毒感染，可以做呼吸道分泌物的檢測，最常用的是咽拭子，通常口咽拭子或鼻咽拭子，從口腔采集或從鼻腔采集，但目的是采集咽喉部位的上皮細胞，檢測細胞內是否有核酸，或該部位的呼吸道分泌物，檢測有沒有新型冠狀病毒核酸或流感核酸。以新型冠狀病毒為例，因為在呼吸道繁殖最常見，所以通常采用的是咽拭子檢測；2、下呼吸道感染：對于重癥病例，還有可能采集下呼吸道的分泌物，比如深度誘導排痰或進行氣管鏡、取肺泡灌洗液做核酸檢測；3、消化道感染：部分新型冠狀病毒肺炎患者表現為消化道癥狀，如嘔吐、腹瀉，可以做糞便的核酸檢測，也可以做肛拭子的核酸檢測，比如輪狀病毒感染或諾如病毒感染，通常取糞便或肛拭子。目前諾如病毒感染較常見，一般是通過做肛拭子或糞便的病毒核酸；3、血液傳播疾病：比如乙肝、丙肝、艾滋病，一般是取血標本做核酸檢測，一方面是評估病毒是否在復制，另一方面是用于評估治療效果，如果進行抗病毒治療后，核酸的定量越來越低，一直到檢測不到說明治療有效。所以核酸檢測選擇何種方式，取決經何途徑傳播，取決于在何系統發生繁殖、復制，所以會根據不同的情況，選擇不同的檢測方式。