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膽結石患者有時需要做核磁共振的檢查，跟普通腹部疾患的核磁共振沒有太多區別。患者進入磁共振倉，憋氣進行磁共振的掃描，有時要做增強的核磁共振，還需要在手臂上打靜脈留置針，進行藥物注射，以便顯示的更加清楚。做磁共振的患者需要避免身上任何的金屬和磁卡類物品，進入磁共振機內還要保證身上沒有任何金屬制品，包括有金屬關節類的患者，一般不太適合做核磁共振。不是每個膽結石的患者都需要做核磁共振，只有高度懷疑膽管內有結石的患者才需要做核磁共振。核磁共振也叫做MRCP，胰膽管成像的磁共振性影像可以精細顯示膽總管全部的表現，包括膽總管內有沒有結石、有沒有腫瘤、膽總管有沒有擴張、肝內膽管有沒有狹窄或擴張，通過核磁共振都可以得到良好的顯示。膽結石核磁共振目前在很大程度上替代有創的檢查方法，包括ERCP檢查方法，是CT的良好補充，甚至在某些方面的優越性已經超過了CT檢查。