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艾滋病難以治療的原因主要取決于艾滋病的特點，它會與人的細胞、人的DNA整合在一起。當艾滋病病毒進入人體以后，部分病毒與人的DNA整合到一起，叫艾滋病前病毒，這種病毒屬于休眠狀態，但是它會隨著人的細胞復制，病毒DNA也會復制，其中一部分病毒DNA會重新轉入為RNA，重新組裝、復制成為新的病毒，對人體造成破壞。艾滋病病毒對人體的破壞都是通過侵入CD4+T淋巴細胞，破壞CD4+T淋巴細胞，導致CD4細胞減少、功能下降，免疫系統出現缺陷，出現各種機會性感染、機會性腫瘤。如果不進行治療，患者可能很快就會死于機會性感染、機會性腫瘤。通過抗病毒治療，可以抑制艾滋病病毒復制，讓病毒載量越來越低，甚至檢測不到，對人的影響、破壞停止。通過有效的抗病毒治療，可以使感染者的存活時間與普通人差不多，或者至少5-10年。隨著抗病毒治療藥物水平的提高，以后艾滋病對人的壽命可能幾乎沒有影響，但是以目前抗病毒治療藥物的作用水平，其無法作用到DNA成分所以即使檢測不到RNA。可能體內仍然有DNA，一旦停止抗病毒治療，DNA可能就會重新復制，產生RNA，導致艾滋病復發，所以目前的抗病毒治療要求是終身抗病毒治療，不可以輕易停藥。