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強直性脊柱炎的病因較復雜，目前尚無確切的病因，研究已經發現，強直性脊柱炎與人體的遺傳因素、環境因素，感染等因素明顯相關，特別是已經證實的，與人類的白細胞抗原HLA-B27基因，具有明顯的相關性，在健康人群該基因的陽性率有2%-7%，而在強直性脊柱炎患者中，該基因的陽性率可高達90%。此外，吸煙也是強直性脊柱炎重要的誘發及預后不良因素，應盡早戒煙。