為適應疾病譜和醫學模式改變，擴大疾病預防控制功能，優化衛生防病資源，加強對疾病控制的應急能力，提高衛生防病科技水平和服務質量，理順公共衛生執法監督體制，根據全國和上海市衛生工作會議精神和要求，1998年11月上海市疾病預防控制中心(簡稱市疾控中心)和上海市預防醫學研究院正式掛牌成立。

為建立具有時代特征、中國特色和上海特點的疾病預防控制體系，根據預防歸口、綜合管理、網絡統一、上下對口、機構整合和功能重組的組建原則，在原市衛生防疫站基礎上實質性合并市勞動衛生職業病防治研究所、市寄生蟲病防治研究所、市結核病防治中心、市皮膚病性病防治中心以及市腫瘤防治研究辦公室、市心腦血管疾病防治研究辦公室，組成市疾控中心和市預防醫學研究院。將治療相關疾病的臨床醫院作為臨床基地，將研究相關疾病的科研院校作為科研基地。通過協作機制，發揮上海整體防病優勢，構成市級多部門合作疾控網絡。按照功能對應、分級管理和能級指導的要求，組建區、縣疾控中心和社區衛生服務中心(疾病綜合防治)，形成上海市三級疾病預防控制網絡體系。
市疾控中心是實施市政府衛生防病職能的專業機構，集疾病預防與控制、監測檢驗與評價、應用科研與指導、技術管理與服務、綜合防治與健康促進為一體，以預防和控制危險因素、疾病、傷害和失能，提高全人群健康水平和生命質量為目標。在繼續加強傳染病預防和控制的同時，積極開展對慢性非傳染性疾病的預防和控制，重點加強疾病預防的技術決策、信息綜合、防治實施、應用研究和預防服務等功能。
市預防醫學研究院由市疾控中心部分科室、若干研究室和重點實驗室組成，是以開展預防醫學應用研究，提高衛生防病實施技術，加快公共衛生人才培養為目標的科研機構，主要承擔各類疾病預防控制的應用研究以及對環境、職業、營養不良等健康危害因素的識別、評價和控制的研究。