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肝功能的檢查不能查出肝癌，肝癌的篩查就是定期做甲胎蛋白和肝臟影像學檢查，最常用的就是肝臟彩超。如果甲胎蛋白升高超過400ng/mL，同時肝臟彩超發現了實性占位，就高度懷疑肝癌。要進一步做肝臟CT的平掃和增強，或者肝臟核磁的平掃和增強，來進一步確定肝臟占位的性質。有一些情況引起甲胎蛋白升高，不一定是肝癌，此情況要排除生殖器的腫瘤，也會引起甲胎蛋白的升高。還有妊娠孕婦也會有甲胎蛋白的升高，在分析病情的時候，要注意排除這些情況。引起肝臟慢性損傷的一些疾病，比如病毒性肝炎中，慢性乙型病毒性肝炎和慢性丙型病毒性肝炎，以及乙肝和丙肝導致的肝硬化患者，這是肝癌必須要篩查的高危人群。另外一些其他的引起肝臟損傷的因素，比如酒精性肝硬化、非酒精性脂肪性肝硬化、藥物引起的肝硬化以及自身免疫性因素導致的肝硬化和遺傳代謝性疾病引起的肝硬化等這些肝硬化的人群，要進行肝癌的篩查。另外就是長期接觸黃曲霉毒素污染食物的患者，也要定期篩查。