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肝功能不是肝癌診斷的主要指標，肝功異常并不代表肝癌特別是早期肝癌。出現肝功能異常時應排除乙肝、丙肝及長期酗酒的病史，并確定有無使用其他藥物導致的肝功能異常；肝癌的診斷必須有影像學結果的支持，如B超、增強上腹部CT或增強磁共振等，并結合抽血化驗檢查進一步判斷。最常見的指標是甲胎蛋白（AFP），陽性率約為60%，17年推出ctDNA試劑盒，對肝癌的檢出率可以達到96%。