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肺未分化癌的確診主要是根據腫瘤發生部位，可以通過穿刺活檢以及支氣管鏡等檢查取得病理結果而確診。小細胞肺癌需同中央型肺鱗癌鑒別，兩者同為肺門旁腫物，病變沿支氣管壁蔓延生長，常有淋巴結的侵犯。病理診斷方面，小細胞肺癌長期同其他神經內分泌腫瘤、小圓藍細胞腫瘤和原發性或轉移性的非小細胞肺癌相鑒別。細胞角質蛋白、白細胞共同抗原、神經內分泌標志物和TTF-1等是常用的鑒別診斷工具。 大細胞肺癌的鑒別診斷包括分化差的鱗癌和實體型腺癌，鑒別點在于分化差的鱗癌具有角質灶或者細胞間橋，實體型腺癌至少有兩個高倍鏡下含有不少于5個黏液滴。另外，如果是周圍型的不管肺小細胞癌或者大細胞癌，可以經過經皮肺組織穿刺活檢，陽性率可能高于支氣管鏡的活檢，因為它是在外周，陽性率比較高。另外支氣管如果活檢取不到，可以支氣管痰液刷檢，或者肺泡灌洗液也可以取得陽性結果，現在水平已經很高，以前可能只依靠病理，現在細胞學也可以明確診斷。