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隱球菌肺部CT表現不具有特征性，大多數是結節性改變和肺部浸潤性肺炎，兩種形式最為常見。但是它的表現也是比較不具有典型特征，目前發現具有多形性，即各種肺部表現形式都可能存在。最多見的是孤立性結節影和腫塊影，不易和肺部腫瘤相鑒別。另外，有部分病例是淋巴結腫大，肺內淋巴結和肺門淋巴結都可能腫大，也可以單發、多發，還經常看見有肺部浸潤性陰影。這種浸潤影可能是像肺炎一樣的局部浸潤，而且可以在單肺，也可以在多個肺葉，較多時候觀察是階段性肺炎。病人一般起病比較隱匿，癥狀較輕，輕微咳嗽、咳痰、低熱、盜汗，反復出現后病人到醫院就診，拍胸片和CT而發現有肺部陰影。單純有肺部陰影仍然無法診斷是隱球菌病，隱球菌病最終確診主要是依靠病理學和細菌學。細菌學主要是可以在肺部做支氣管鏡時，肺泡灌洗液發現有隱球菌的特征性菌體和孢子，或者做肺活檢和經皮肺穿刺，確診發現有菌體和孢子，培養也可以鑒別。肺部的病理學還有一個特征，是肉芽腫性炎癥。因此隱球菌肺部CT表現多見于結節性和浸潤性表現，個別還有空洞，但是這些都不是特異性表現，最終確診依靠病理學和細菌學診斷。